根據工作職責，區(qū)審計局設7個內設機構，現有1個下屬事業(yè)單位。

（一）辦公室

負責審計委員會協(xié)調工作；負責機關日常運轉，承擔文電、會務、政務、財務、人事管理、資產管理、檔案管理等工作。

（二）法規(guī)審理股

負責全區(qū)審計系統(tǒng)的法制工作，擬定全區(qū)審計工作規(guī)劃和年度審計項目計劃；負責審計項目的審理審核和質量檢查及評估工作；負責內部審計工作；承擔機關行政復議、行政應訴等工作。

（三）財政金融審計股

組織審計區(qū)級預算執(zhí)行和其他財政收支情況；負責起草區(qū)級財政預算執(zhí)行審計結果報告和綜合、專題審計報告。牽頭負責對國家重大政策措施貫徹落實情況開展相關審計工作或專項審計調查。

（四）行政事業(yè)審計股

負責并組織審計區(qū)級各部門及各街鎮(zhèn)管理的與財政撥款有關的機關、團體財政財務收支情況。

（五）農業(yè)與資源環(huán)保審計股

負責并組織審計農林水專項資金、扶貧資金、資源和生態(tài)環(huán)境保護資金及財務收支情況；負責對國家政策貫徹落實情況開展相關審計和專項審計調查。

（六）經貿與社會保障審計股

負責并組織審計區(qū)屬國有企業(yè)和國有資本占控股地位或主導地位的企業(yè)資產、負債、損益等情況；開展社會保障基金、社會福利和各類救助及捐贈資金審計；負責計算機審計工作，組織開展審計業(yè)務電子數據的采集、驗收、整理和綜合分析利用等。

（七）固定資產投資審計與稽察股

負責并組織審計區(qū)政府投資和以區(qū)政府投資為主的建設項目的預算執(zhí)行情況和決算及其他關系國家利益和社會公益的建設項目；承擔重大項目的稽察工作。

區(qū)審計局下屬1個事業(yè)單位為區(qū)審計事務服務中心。