根據(jù)工作職責(zé)，區(qū)交通運輸局設(shè)4個內(nèi)設(shè)機構(gòu)，現(xiàn)有3個下屬事業(yè)單位。

（一）黨政辦公室。負(fù)責(zé)局機關(guān)工作的組織協(xié)調(diào)和對外聯(lián)絡(luò)，負(fù)責(zé)督辦工作。負(fù)責(zé)交通工作綜合調(diào)研、重要報告和綜合性文件起草工作。負(fù)責(zé)文書處理、檔案管理工作。負(fù)責(zé)有關(guān)會議和活動的組織。負(fù)責(zé)黨務(wù)、黨風(fēng)廉政和精神文明建設(shè)工作。負(fù)責(zé)保密管理工作。負(fù)責(zé)創(chuàng)建和宣傳報道工作。負(fù)責(zé)編制部門年度預(yù)算。負(fù)責(zé)管理預(yù)算資金和建設(shè)資金。負(fù)責(zé)系統(tǒng)資產(chǎn)的管理。負(fù)責(zé)檢查監(jiān)督系統(tǒng)財務(wù)工作。

（二）公路工程股（交通戰(zhàn)備辦公室）。負(fù)責(zé)制定轄區(qū)公路發(fā)展規(guī)劃和計劃安排。負(fù)責(zé)公路建設(shè)計劃的督促檢查和落實工作。負(fù)責(zé)公路養(yǎng)護管理和路政管理工作。負(fù)責(zé)通村公路的計劃、建設(shè)、監(jiān)督和管理工作。負(fù)責(zé)工程招投標(biāo)工作。負(fù)責(zé)工程建設(shè)施工的管理工作。負(fù)責(zé)工程竣工結(jié)算驗收和工程資料歸檔管理工作。負(fù)責(zé)制定國防交通建設(shè)計劃、保障計劃、物資儲備計劃及交通保障隊伍的組訓(xùn)計劃，組織完成保障任務(wù)。

（三）綜合執(zhí)法股（治超辦）。負(fù)責(zé)運輸市場管理工作。負(fù)責(zé)維修企業(yè)的行業(yè)管理工作。負(fù)責(zé)交通企業(yè)及運輸企業(yè)的行業(yè)管理。負(fù)責(zé)農(nóng)村客運站、場等建設(shè)工作。負(fù)責(zé)行政執(zhí)法工作。負(fù)責(zé)治超工作。負(fù)責(zé)交通運輸行政審批監(jiān)管協(xié)調(diào)工作，加強與區(qū)級行政審批服務(wù)部門的協(xié)調(diào)溝通。

（四）安全監(jiān)督股。負(fù)責(zé)系統(tǒng)安全生產(chǎn)、消防安全工作，組織開展安全監(jiān)督檢查。

區(qū)交通運輸局下屬3個事業(yè)單位分別為渭南市臨渭區(qū)農(nóng)村公路管理站、渭南市臨渭區(qū)交通運輸服務(wù)中心，渭南市臨渭區(qū)交通運輸綜合執(zhí)法大隊。